ต้นมะนาว ถ้าปล่อยให้เจริญเติบโตไปตามธรรมชาติ จะพบว่ามีกิ่งก้านแตกออกมารกรุงรัง และอาจจะมีกาฝากหรือฝอยทองเกาะตามกิ่งมะนาวได้ ทำให้กิ่งแห้งและง่ายต่อการที่โรคและแมลงต่างๆเข้าทำลายได้ ต้นมะนาวจะแตกกิ่งก้านสาขามากมายจนไม่ได้รูปทรงตามต้องการ และอาจจะเจริญเติมโตมากอยู่เพียงแค่ด้านเดียว ทำให้โค่นล้มได้ง่าย เนื่องจากการรับน้ำหนักที่มากเกินไปและไม่สมดุล ทำให้ต้นมะนาวไม่เจริญเติมโตอย่างแขจ็งแรง ทำให้มีพื้นที่ออกผลได้น้อย นอกจากนี้ยังทำให้การเข้าไปทำงานในสวนมะนาวทำได้อย่างยากลำบากยิ่งขึ้น และเพื่อรักษาทรงพถ่มให้อยู่ในรูปร่างที่เหมาะสม ดังนั้นเราควรที่จะได้มีการตัดแต่งกิ่งมะนาว โดยจุดประสงค์ของการตัดแต่งกิ่งมะนาวก็เพื่อประโยชน์ด้านต่างๆดังต่อไปนี้
1. เพื่อให้โครงสร้างของต้นมะนาวสมบูรณ์แข็งแรง ซึ่งต้องทำตั้งแต่ต้นมะนาวยังเล็ก โดยเลือกเอากิ่งที่แข็งแรง กิ่งลำต้นกว้าง เนื่องจากเป็นกิ่งที่มีโครงสร้างแข็งแรง โดยกิ่งที่ต้องกำจัดออกก็คือ กิ่งที่มีมุมแคบที่อ่อนแอ กิ่งที่ไขว้กันเกะกะ กิ่งมะนาวที่เติบโตแข่งกับลำต้น ซึ่งกิ่งพวกนี้มักจะไม่ค่อยออกดอกออกผล ซ้ำร้ายยังจะคอยแย่งอาหารอีกด้วย และเมื่อตัดกิ่งพวกนี้ออกต้นมะนาวจะโปร่งและได้รับแสงอย่างทั่วถึงอีกด้วย ทำให้สร้างอาหารได้มาก ต้นจะแข็งแรง และออกดอกออกผลได้ดี
2. เพื่อให้ต้นมะนาวมีรูปทรงและสักษณะต้นที่ต้องการ สะดวกในการทำงาน และการดูแลรักษาสวนมะนาวเป็นไปได้โดยง่าย เช่น การใส่ปุ๋ย การป้องกันและกำจัดศัตรูพืช และการเก็บเกี่ยวพลผลิตเป็นต้น
3. เพื่อให้มะนาวออกดอกติดผลกระจายทั่วทั้งต้น เนื่องจากได้รับแสงแดดอย่างทั่วถึง การสังเคราะห์ด้วยแสงของใบมีประสิทธิภาพมากขึ้น และทไให้มีอาหารเพียงพอในการสร้างดอกสร้างผล
4. เพื่อช่วยป้องกันการระบาดของโรค และ แมลงต่างๆ ต้นมะนาวทรงพุ้มที่หนาทึบที่ไม่ได้มีการตัดแต่งกิ่ง จะเป็นที่สะสมของดรคและแมลงต่างๆได้เป็นอย่างดี การตัดแต่งกิ่งออกจะทไให้มีทรงพุ่มโปร่ง แสงแดดส่องได้ทั่วถึงปริเวณโคนต้น ซึ่งจะช่วยลดการระบาดของโรคและแมลงต่างๆได้เป็นอย่างมาก
5. เพื่อลดความเสียหายจากลมแรง เนื่องจากมะนาวทรงพุ่มที่โปร่งย่อมได้รับแรงปะทะของลมได้น้อยกว่าทรงพุ่มที่หนาทึบ การล้มของต้นมะนาว รวมถึงความเสียหายของการแตกหักของกิ่งจะมีน้อยกว่าต้นมะนาวที่ไม่ได้รับการตัดแต่งกิ่ง
6. ในการตัดแต่งกิ่งมะนาวทุกครั้งจะต้องใช้เครื่องมือที่สะอาดและคม ในระหว่างการต้ด อย่าสร้างรอยแผลให้แก่ต้นมะนาวเกินความจำเป็นศึ่งถ้าเกิดรอยแผลมาก โรคและแมลงจะมีโอกาสเข้าทำลายได้มากขึ้น
ในช่วง 2 ปีแรกของต้นมะนาว ให้ตัดเพื่อรักษา ทรงพุ่มให้อยู่ในรูปทรงที่ต้องการเช่น ทรงสูง ทรงพุ่มแจ้ เป็นต้น และควรตัดเฉพาะกิ่งที่แห้งและอยู่ชิดดินมากเกินไป กิ่งที่ยาวมากก็ตัดให้สั้นลง เมื่อมะนาวมีอายุได้ 3 ปี การตัดแต่งกิ่งในช่วงนี้จะมีความสำคัญมาก เพราะเป็นการตัดแต่งกิ่งเพิ่มให้โครงสร้างและทรงพุ่มสวยงามและเหมาะสม ในระยะจากโคนต้นขึ้นมา 1 เมตร ไม่ควรให้มีกิ่งแขนงอยู่เลย ควรให้เปนทรงต้นที่โดดขึ้นมา ส่วนบนต่อจากนั้นจึงให้เป็นทรงพุ่มได้ กิ่งที่จเำเป็นต้องตัดออกในช่วงนี้ก็คือกิ่งที่แห้งตาย และกิ่งที่เป็นโรค กิ่งที่เกะกะก็ควรที่จะตัดให้สั้นลง กิ่งกระโดงที่มักขึ้นจากลำต้นหรือช่วงกลางลำต้น หรือกิ่งที่ไม่มีประโยชน์ก็ควรที่จะได้ตัดออกเสีย
สำหรับต้นมะนาวที่ให้ผลแล้ว ควรที่จะทำการตัดแต่งกิ่งปีละครั้ง โดยทำหลังจากเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว โดยจะเป็นเวลาที่เหมาะสมที่สุด กิ่งที่ต้ดออกจากต้นก็ควรนำเอาไปเผาไฟ หรือฝังดินอย่าทิ้งกิ่งไว้ตามลำต้น เรพาโรคหลายชนิดสามารถอาศัยอยู่บนกิ่งเหล่านั้นได้ และยังสามารถที่จะระบาดไปยังต้นได้อีกด้วย
