การตอนกิ่งมะนาว เป็นขั้นตอนการขยายพันธุ์ ที่นิยมใช้กันมานาน และเป็นที่รู้จักกันเป็นอย่างดีในบรรดาชาวสวนมะนาว วิธีขยายพันธุ์มะนาวด้วยการตอนกิ่ง นั้นเป็นวิธีการขยายพันธุ์ ที่เป็นที่นิยมกันอย่างแพร่หลาย ในการตอนกิ่งที่รู้จักกันดีในแถบทวีปยุโรปซึ่งเรียกว่า การตอนทับกิ่ง หรือ การตอนกิ่ง แบบหุ้มกิ่ง ซึ่งในการตอนหุ้มกิ่ง นั้นก็มีหลายหลายวิธี เช่น แบบการทำให้ต้น หรือกิ่งพืชแตกราก ในขณะที่ยังติดอยู่กับลำต้น หลังจากกิ่งมะนาวแตกรากแล้วจึงตัดไปปลูกภายหลัง ฉะนั้นโอกาสของการที่กิ่งพืชสามารถรอดนั้น จะดีกว่าการวิธีการตัดชำ แต่ก็มีข้อเสียอยู่ตรงที่ว่า จะทำให้ขยายพันธุ์ได้ช้ากว่ามาก ด้วยเหตุนี้ถ้าต้องการต้นพืชจำนวนมากๆ จึงไม่นิยมใช้การขยายพันธุ์ด้วยวิธีการตอนกิ่ง เว้นแต่ว่าต้นพืชนั้นจะขยายพันธุ์ไม่ได้ด้วยการตัดชำ หรือแตกรากได้ยากกว่า วิธีการตอนกิ่ง ส่วนการตอนกิ่งอีกแบบ คือการตอนกิ่ง แบบชาวจีน หรือแบบที่เราชาวไทยนิยมใช้กันอยู่ทุกวันนี้ ซึ่งเป็นวิธีที่ใช้ในการตอนกิ่งพืชประเภทไม้พุ่ม และไม้ยืนต้นเป็นส่วนใหญ่ รวมทั้งพืชจำพวกไม้ผล และไม้ประดับ เช่น มะนาว ลำไย ลิ้นจี่ ละมุด ส้มเขียวหวาน กุหลาบ ส้มโอ มะลิ เป็นต้น ส่วนวิธีการตอนนั้นปฏิบัติเป็นขั้นๆ ดังนี้
ขั้นแรกเราจำเป็นต้อง เลือกกิ่งพันธุ์ หรือต้นมะนาวที่จะตอน จะต้องเป็นกิ่งที่ ไม่อ่อน และไม่แก่จนเกินไป มีใบดก และไม่มีโรคหรือแมลงศัตรูพืช ได้รับแสงแดดสม่ำเสมอ โดยปกติมักจะเลือกกิ่งกระโดง นั้นเอง
ขั้นต่อมาคือ การทำแผลบนกิ่งพันธุ์ การทำแผลบนกิ่งมะนาว นั้นต้องเริ่มจากการควั่นให้เป็นแผล 2 รอยโดยแต่ละรอยจะห่างกันประมาณ 1.5 เซนติเมตร จากน้ำทำการลอกเปลือกของส่วนที่อยู่ระหว่ารอยแผลออก หากส่วนนั้นมีหนามก็ให้ทำการตัดหนามทิ้ง ส่วนการขูดผิวบางๆของรอยแผล เพื่อตัดระบบการส่งสำเลียงอาหาร มะนาวไม่จำเป็นต้องขูดออกเพราะมะนาวไม่ใช่พืชประเภทที่มียาง
จากนั้น ให้ทำการทาฮอร์โมนเร่งราก โดยให้ทาบริเวณที่ทำแผล หรือบริเวณที่กิ่งจะเกิดราก จะช่วยให้กิ่งมะนาวแตกรากดี คือ มีรากมากขึ้น และเจริญเติบโตได้เร็ว ซึ่งการทาฮอร์โมนปกตินั้น จะทาเฉพาะบริเวณที่จะเกิดรากเท่านั้น เช่น บริเวณที่เป็นรอยควั่นของแผลด้านบน โดยการตอนมะนาวนั้นฮอร์โมนเร่งรากแบบเข้มข้น เพราะมะนาวแตกรากได้ง่ายอยู่แล้ว และให้ผลการตอนที่ดีกว่าการใช้แบบเข้มข้น
จากนั้นให้ทำการหุ้มกิ่งตอน วัตถุที่จะใช้หุ้มกิ่งตอนอาจใช้วัตถุต่างๆ ได้หลายอย่าง แต่ที่แนะนำการนำขุยมะพร้าว โดยนำไปแช่น้ำพอหมาดๆ แล้วทำการบรรจุขุยมะพร้าว ในถุงพลาสติกขนาดเล็ก แล้วมัดปากให้แน่ด้วยเชือกฝางหรืออาจจะเป็นยางยืดก็ได้ โดยการหุ้มกิ่งนั้นให้ทำการผ่าถุงพลาสติกที่บรรจุขุยมะพร้าว จากนั้นนำถุงอัดขุยมะพร้าวมาทำการหุ้มตรงรอยที่เกิดจากการควั่น ทาฮอโมนเร่งรากแล้ว แล้วให้ทำการมัดด้วยเชือกฟางด้านหัวและด้านท้ายของถุงอัดขุยมะพร้าวโดยไม่จำเป็นต้องมัดแน่นจนเกินไป เนื่องจากถ้ามัดแน่นจนเกินไปจะทำให้น้ำและความชื้นไหลออกทางรอยผ่า นอกจากนี้สิ่งที่สำคัญอีกอย่างก็คือรอยแผลผ่าของถุงที่บรรจุขุยมะพร้าวนั้น จะต้องหงานขึ้นด้านบนเสมอ เพื่อลดการสูญเสียน้ำและความชื้น และถ้มีฝนตกลงมาน้ำฝนก็จะสามารถไหลเข้าไปข้างในได้ตามรอย
ขั้นตอนสุดท้าย หลังจากตอนกิ่งตามขั้นตอนที่กล่าวมาแล้วนั้น ประมาณ 12-21 วัน รากของมะนาวจะเริ่มออกมาให้เห็น แต่สำหรับกิ่งมะนาวที่เหมาะสมกับการตัดไปเพาะลงถุงดำ ควรเป็นกิ่งตอนที่มีอายุระหว่าง 21-28 วันจะเป็นช่วงที่ดีที่สุด
